Với nhận thức về tầm quan trọng của sự hợp tác trong phát triển, CISD đã mở rộng mạng lưới liên kết với nhiều cá nhân, tổ chức có cùng định hướng ở Việt Nam, khu vực và thế giới. Theo đó, hoạt động hợp tác được thực hiện ở nhiều khía cạnh như nghiên cứu, đào tạo ngắn hạn, tư vấn, lượng giá các dự án/chương trình phát triển, trao đổi kinh nghiệm trên các lĩnh vực đăng ký của CISD với niềm tin về sự hợp lực sẽ mang lại sự phát triển bền vững.

Các tổ chức đối tác của CISD gồm:

Trong nước

Ban chỉ đạo Xóa đói giảm nghèo Tp. HCM  

Trung tâm Nghiên cứu giảm nghèo Đại học Đà Lạt

Khoa Xã hội học và Công tác xã hội Đại học Đà Lạt

Trung tâm Nghiên cứu -Tư vấn- Công tác xã hội và Phát triển cộng đồng, Tp. HCM (SDRC)
 
Trung tâm Dịch vụ Phát triển Nông thôn (RDSC), Hà Nội

Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn Tp. HCM  

Đại học Nông lâm Tp. HCM

Đại học Bình Dương

Đại học Cần Thơ

Đại học Huế

Hội Nông Dân Tp. HCM

Hội Nông Dân Bà Rịa-Vũng Tàu

Hội Phụ nữ huyện Thanh Bình- Đồng Tháp

Ngoài nước

Trung tâm Nghiên cứu Khoa học xã hội & Phát triển bền vững vùng(RCSD), Đại học Chiang Mai, Thái Lan

Viện lúa quốc tế IRRI, Philippine

Quỹ nghiên cứu và phát triển Quốc tế, Tokyo, Nhật bản (FASID)

Công ty Tư vấn môi trường & tài nguyên nước ASCONIT (Asconit Cộng hoà Pháp)